DNAをアセンブルできる「ゲノムコンパイラ」 37
ストーリー by hylom
スタバでMacBookをドヤ顔で広げて遺伝子操作する時代が到来 部門より
スタバでMacBookをドヤ顔で広げて遺伝子操作する時代が到来 部門より
あるAnonymous Coward 曰く、
生化学技術者らが、DNAをお手持ちのコンピュータで簡単にアセンブルできる「Genome Compiler」を公開している（本家/.）。
このコンパイラを開発したのは、Genome Compiler社の創業者であるOmri Amirav-Drory氏。氏はスターバックスでMacBookを広げ、バクテリアの遺伝子を操作するデモを披露したそうだ。作成したDNAデータをファイルに保存してDNA合成ラボに送信することで、実際に人工DNAを作成することも可能だという。
このソフトウェアはGenome Compiler社のWebサイトからダウンロードできる。今すぐ新しい生物（のDNA）をアセンブルしよう！
おじさん、ハンドアセンブルしちゃうぞ (スコア:2)
ATG TCT TCC TCG AGG CCT GCC CAC ...
おまえはもう、死んでいる (スコア:2, おもしろおかしい)
ATATATATATATATATA.....
Re: (スコア:0)
すまん生物ではTATAがシステムで使用されてるのでエスケープしないと誤動作の元になるよ。
SJISの悪夢が！
Re: (スコア:0)
今時のプログラマなんで高級言語しか使いません！
「へーい彼女お茶しない？」
# いつ合成できるやら
Re:おじさん、ハンドアセンブルしちゃうぞ (スコア:1)
合成に失敗するとスライムが出てきます。
#満月の夜がおすすめ
スタバでMacBook開いてドヤ顔 (スコア:2, すばらしい洞察)
> 氏はスターバックスでMacBookを広げ、バクテリアの遺伝子を操作するデモを披露したそうだ。
未だかつてこんなにスマートな『スタバでMacBook開いてドヤ顔』があっただろうか
Re: (スコア:0)
想像したら噴いた
こないだ読んだばかり…と思ったがちょっと違った（ややネタばれ） (スコア:1)
間違えて合成DNAを体内に侵入させちゃったらどうなるんでしょうか。RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある）の場合と違って問題は起きないのかな？
# ネタ元は「ゲノム・ハザード（司城 志朗 著)」。内容は医学じゃなくてミステリー。
Re:こないだ読んだばかり…と思ったがちょっと違った（ややネタばれ） (スコア:3)
多くの動植物から細胞の形でDNAを食品として摂取していても、何も起こりませんから、一切問題は無いのではないかと。
高濃度のDNA大量摂取なら、尿酸値が上がって高尿酸血症とか痛風になると思いますが。
Re:こないだ読んだばかり…と思ったがちょっと違った（ややネタばれ） (スコア:4, 参考になる)
基本はそうですが、食べ続けているとたまに変なことが起こるみたいなんですよね。
日本人の腸だけに存在？：海藻を消化する細菌 [wired.jp]
変化したのは人間ではなく共生細菌ですが、結果として日本人が新たな特性をゲットしたという。
TarZの日記： 【GPLかんせん！】Bdelloid が外部の成果物のコードを無断再利用している形跡を発見 [srad.jp]の話も、食ったDNAを取り込んでると考えられているようです。
Re: (スコア:0)
ミトコンドリアなんかもメインの細胞とは別のDNAもってる
寄生生物だったりなんかしたりしますしね。DNAの合体ではありませんが。
# ミトコンドリア・イブとかもてはやされた時代にそういう小説ありましたな。
まぁ、胃液やらで消化するのと、細胞レベルで取り込むのは
分けて考えた方がいいとは思います。
DNAは吸収されるには分子量大きすぎ？
イキアタリバッタリサイキンメーカー (スコア:1)
ドラや菌 [wikipedia.org]でも出来ちゃうのかな.
通りすがりの分子生物学徒 (スコア:1)
遺伝子を浴びるっていう表現にぞわぞわします。
遺伝子は浴びれませんよ。DNAやRNAという物質なら浴びようもありますが。。。
### 放射性物質、ではなく「放射能を浴びる」、という表現のような。
また（DNA）シークエンサーは配列を”読む”機械です。合成する機能はありません。
合成するのは、（DNA）シンセサイザーですね。
「RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある」というのも誤解です。
DNAとRNAをまとめて「核酸」といいますが、核酸自体にウイルスとして振舞う能力はありません。
例えば何かのPC用ソフトのDVDがあっても、DVDドライブやPCがなければただのプラスチックと同じです。
核酸の遺伝情報も読み出す装置（転写機構）やその遺伝情報を機能させる各種因子（ｔRNA、リボソームほか）
がなければただの有機物です。
ですので合成DNAを体内に、とありますが
口から → 消化管内 → 普通に消化（そもそも肉や果物にはDNA、RNAが普通に大量に入ってますね）
血管から → DNAse（DNA分解酵素）で速やかに分解
という普通の防御機構でおしまいのような気がします。
ウイルスのように細胞中に直接注入され、且つヒト細胞で機能する遺伝子配列であれば、
何らかの生理作用を持つ可能性はありますね。（基本的にはやっぱり速やかに分解されてしまいますが）
夢のないレスですみません。。。
Re:通りすがりの分子生物学徒 (スコア:1)
なるべくネタバレを避けようとしたためで実際の記述では合成レトルウイルスを顔に浴びて傷口から侵入を許しています。
＞「RNA（ウイルスとして振る舞う能力がある」というのも誤解です。
これも、上記と同様。合成レトロウイルスの話です。
詳細を明かすともろにネタバレになるので記述を変えたのですが、なんか中途半端だったみたいですね。もっと書き方を練るべきでした。
# なお、シークエンサーは間違いです。シンセサイザーでした。
Re: (スコア:0)
>遺伝子は浴びれませんよ。DNAやRNAという物質なら浴びようもありますが。。。
通りすがりの昭和人間ですが、ら抜き言葉を浴びるとぞわぞわします。。。
ひねりのないコメントですみません。。。
Re: (スコア:0)
>遺伝子を浴びるっていう表現にぞわぞわします。
bukkakeのことかと思ったら違った。
Re: (スコア:0)
放射能って、「放射線を放射する能力」だから浴びれないのは分かるけど、
遺伝子って「遺伝情報を伝達する分子構造あるいはその一部」だから、
遺伝子は浴びれると思うんだけど違うのかな？
α線やβ線は放射線であって放射能ではないけど、DNAやRNAは遺伝子でしょ？
違うのかな。
殺人コンピュータウィルス (スコア:1)
Re: (スコア:0)
Gnome Compilerに空目。
こんなところにもGPLが！？と。
とりあえず見送り (スコア:0)
アセンブルなんて嫌だ。LLVMで高級言語が実装され、ライブラリが揃うまで待つ
Re: (スコア:0)
ジーン・マッパー？
アセンブルするコンパイラ…… (スコア:0)
何か気持ち悪いっす。
Re: (スコア:0)
昔、マクロアセンブラは、アセンブラなのかコンパイラなのか？
という議論があったなぁ
遺伝子・ゲノム・DNA・塩基・染色体 (スコア:0)
違うかもしれないが
塩基 == ニーモニック
遺伝子 == サブルーチン
ゲノム == ライブラリ
染色体==サブシステム仕様書
。。。
てな感じでどなたか解説してくれませんか。
Re: (スコア:0)
塩基 == 文字コード。といっても本文に4文字、転写専用の1文字しかい。3文字は本文・転写兼用。
コドン == 予約語。
シークエンス == プログラムコード。
ゲノム == インスタンス生成に必要なプログラムコードのフルセット。
ただ、static void main() に相当するシークエンスがどれだかわからない。
わかっても、兆単位の数のCellによる並列処理だから解析しきれるものでもない。
遺伝子==リポジトリ
染色体==github
アセンブルについて (スコア:0)
本家の方でもミスリーディングなタイトルだってんで非難されてんな。
"アセンブル"っつっても「塩基配列のアセンブル」と言うバイオインフォマティクス用語。
しかもこのソフトは、本格的（塩基配列の）アセンブラーと言うよりは、どっちかっつーと
ホモロジーサーチとかそっちレベルの機能しか持ってなさげ。
アセンブルって言ったらphred/phrap/consedとか、platanusとか、、、
Re:アセンブルについて (スコア:1)
コンピュータ用語でいうアセンブルっつうより、塩基配列を設計(編集)するソフトっていったほうが近いような感じがしますね。
で、設計した配列を実際に合成してもらうことも可能という。
欲しいもの (スコア:0)
たんぱく質の構造を入力すると、それを生成するDNA（の塩基配列）を出してくれるソフト。
単純にアミノ酸から三つ組みに変換するだけじゃなく、読み始めを示す構造とかも込みで。
Re: (スコア:0)
合成効率とか無視すればある程度のものはスクリプト言語で書けそうな気もする。
ちょっと気になる (スコア:0)
この一文って必要だったんですかね？本家スラッシュドットのタレコミ文には、確かに「コーヒーショップでラップトップを広げた」とあります。
でも別にスターバックスともMacbookとも書いていませんよね。タレコミしたACがどうしてそういう文を追加したのかよくわからない。まさか喫茶店でMacbook使ってる人を見るとイライラするタイプのお方？
Re:ちょっと気になる (スコア:2)
Re:ちょっと気になる (スコア:1)
本家のタレコミにはありませんけど、Fox Newsの元記事にはそう書かれてますよ。
Monsters, Inc.? New software lets scientists program life [foxnews.com]
Re: (スコア:0)
すいませんコメントを投稿したACです。
確認したらタレコミしたACではなく、hylomの仕業だった模様。ちなみにACのタレコミは後半の「このソフトウェア～」以下のみ。某匿名掲示板のようなことをストーリーに書くなんてどうかしてる。Appleに親でも殺されたのだろうか？？
Re: (スコア:0)
ここも、もうしばらくたつと会話形式の煽情的なタイトルを使いかねませんね。
スタバ民「DNAコンパイラ披露したったったｗｗｗｗ」
Re: (スコア:0)
なんでスタバなんだ。
そこはExcelsiorだろ？ [excelsiorcaffe.com]
とトレッキー的には思ってしまう。
http://www.sfaps.com/excelsior-class.html [sfaps.com]
http://ja.memory-alpha.org/wiki/USS%E3%82%A8%E3%8 [memory-alpha.org]
Yet Another Perl Hacker (スコア:0)
Perlのあれはインタプリタ部分は何行でしたっけ。
下の噴出しがLarry Wallで吹いた(誇張
ネーミングだけの話題だしネーミングと乖離している (スコア:0)
せめて実行形式であるタンパク質合成まで行えるようじゃないとつまらん。
DNA断片だけでも何らかの機能がある場合もあるとかいうツッコミは無視する。